वीडियो: BAM अनुक्रमणिका फ़ाइल क्या है?
2024 लेखक: Lynn Donovan | [email protected]. अंतिम बार संशोधित: 2023-12-15 23:47
ए बीएएम फ़ाइल (. बैम ) एक सैम का द्विआधारी संस्करण है फ़ाइल . एक सामी फ़ाइल (. सैम) एक टैब-सीमांकित पाठ है फ़ाइल जिसमें अनुक्रम संरेखण डेटा होता है। इंडेक्सिंग : IGV के लिए आवश्यक है कि SAM और. दोनों बीएएम फाइलें स्थिति के अनुसार क्रमबद्ध किया जाए और अनुक्रमित , और वह अनुक्रमणिका फ़ाइलें एक विशिष्ट नामकरण परंपरा का पालन करें।
इसी तरह, लोग पूछते हैं, मैं BAM फाइल कैसे खोलूं?
से फ़ाइल मेनू चुनें खोलना और चुनें बीएएम फाइलें बाईं ओर से। दाईं ओर बटन चुनें जो कहता है कि जोड़ें a बीएएम फ़ाइल . पर नेविगेट करें बैम परीक्षण फ़ाइलें आपके द्वारा डाउनलोड किया गया फ़ोल्डर with_index_with_graph चुनें। क्लिक खोलना , मानचित्र चुनें।
दूसरे, मैं BAM फ़ाइल को Fastq में कैसे बदलूँ? नीचे BAM फ़ाइल को FASTQ प्रारूप में बदलने के चरण दिए गए हैं। यह Linux पर काम करेगा और इसके लिए SAMTOOLS और BEDTOOLS की आवश्यकता होगी
- सैमटूल डाउनलोड करें।
- कमांड टार xzvf samtools-version.tar.bz2 का उपयोग करके एक्सट्रेक्ट करें।
- यह samtools-version नाम से एक फोल्डर बनाएगा।
- निर्देशिका में ले जाएँ cd samtools-version.
इसी तरह, मैं BAM फ़ाइल को SAM फ़ाइल में कैसे बदलूँ?
प्रति सैम परिवर्तित करें प्रति बैम , हम samtools view कमांड का उपयोग करते हैं। हमें यह निर्दिष्ट करना होगा कि हमारा इनपुट अंदर है सैम प्रारूप (डिफ़ॉल्ट रूप से यह अपेक्षा करता है बैम ) -S विकल्प का उपयोग करके। हमें यह भी कहना चाहिए कि हम चाहते हैं कि आउटपुट हो बैम (डिफ़ॉल्ट रूप से यह पैदा करता है बैम ) -b विकल्प के साथ।
Samtools व्यू क्या करता है?
समटूल्स उपयोगिताओं का एक सेट है जो बीएएम प्रारूप में संरेखण में हेरफेर करता है। यह एसएएम (अनुक्रम संरेखण/मानचित्र) प्रारूप से आयात और निर्यात करता है, करता है सॉर्टिंग, मर्जिंग और इंडेक्सिंग, और किसी भी क्षेत्र में तेजी से रीड को पुनः प्राप्त करने की अनुमति देता है। समटूल्स एक धारा पर काम करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।
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